Oggi la Misericordia è formata da circa 4000 soci. Viene diretta dal Magistrato, formato da dodici persone, che resta in carica tre anni  e svolge le funzioni di "amministrazione" della  Confraternita. Gli altri organi istituzionali sono: i revisori dei conti, i probiviri, il cappellano, il correttore.

Al di sotto di questi ci sono i volontari, i collaboratori e gli obiettori, che svolgono servizi di emergenza-urgenza, servizi sociali, trasporti,  manutenzioni dei locali e delle attrezzature.